я же говорил добавлять не выше строки server = require('https').createServer(options, app),
Должно быть:
var fs = require('fs');
var options = {
key: fs.readFileSync('/etc/apache2/ssl/private.key'), //Путь где лежит сертификат на сервере
cert: fs.readFileSync('/etc/apache2/ssl/ssl.crt') //Путь...